Sevr Antlaşması ile kurulamayan uluslararası komisyon, Lozan Antlaşması ile kuruldu ancak bu kez komisyona Türk tarafından seçilen bir kişi başkanlık edecekti.

Boğazların tüm ticaret gemilerine açık olması, barış zamanında da savaş gemilerinin belli bir sınırlamayla serbestçe Boğazlardan geçmesi öngörülüyordu. Savaş zamanında Türkiye tarafsızsa Boğazlardan geçişleri engellemeyecek, savaşa katılmışsa karşı devletlerin gemilerine istediği biçimde müdahalede bulunacaktı. Savaş zamanı tarafsız devletlerin ticaret gemileri yardım götürmüyorsa yine serbestçe Boğazlardan geçebilecekti. Boğaz çevresinde kritik noktalar silahsızlandırılacaktı.

Boğazlar, 20 Temmuz 1936 tarihine dek bu koşullar altında yönetildi. İkinci Dünya Savaşı öncesinde gerilmeye başlayan siyasi ortamda, Türkiye güvenlik kaygıları olduğunu dile getirerek Boğazlar üzerinde yetkisini arttırmak için harekete geçti.

Konuya hâkim bir heyet tarafından bir taslak hazırlandı ve Türk tarafının bastırması sonucu İsviçre'nin Montrö kentinde Boğazların durumu için Karadeniz'e kıyıdaş olan ya da Boğazlarla ilgili olan devletler arasında görüşmeler başlatıldı.

Görüşmeler sırasında Türkiye'yi dönemin dışişleri bakanı Tevfik Rüştü Aras, Londra Büyükelçisi Fethi Okyar, Paris Büyükelçisi Suad Davaz, Genelkurmay ikinci başkanı Asım Gündüz ve Türkiye'nin Milletler Cemiyeti sürekli delegesi Necmettin Sadak'ın içinde bulunduğu 24 kişilik bir grup temsil ediyordu.

Türk tarafı, gemiler için işlemekte olan geçiş serbestisine karşı çıkmıyor ancak askerî gemilerin geçişleri süresince ulusal güvenliği sağlamak için yetki istiyordu. Karadeniz'e giren savaş gemilerinin sayısına ve Karadeniz sularında kalış süresine sınırlama getirilmesi de Türkiye'nin istekleri arasındaydı. Türk tarafına Boğazlar üzerinde tam egemenlik hakkı veren bu istekler Karadeniz'e kıyısı olan diğer ülkelerin çıkarlarına da uyduğu için söz konusu ülkelerce desteklendi. Yetkilerin komisyon tarafından sürdürülmesi konusunda bastıran Birleşik Krallık'ın görüşleri kabul görmedi ve imzalanan Montrö Boğazlar Sözleşmesi ile Türkiye güvenlik konularında Boğaz üzerinde tam yetkili oldu.

Boğazların egemenlik hakkı Türkiye'ye tanındıktan kısa bir süre sonra İkinci Dünya Savaşı patlak verdi. Savaşın sonuna dek katı bir tarafsızlık politikası izleyen Türkiye, ilgili antlaşmalar ve sözleşmeler uyarınca Boğazları tüm muharip ülkelerin savaş gemilerine kapalı tuttu. Türkiye'yi Alman ve İtalyan savaş gemilerini ticaret gemisi sayarak Boğazlardan Karadeniz'e sokmakla suçlayan Sovyet Rusya, Türkiye'ye nota verdi. Boğazların Karadeniz'e kıyıdaş ülkelerce yönetilmesini öngören bir yönerge taslağıyla sözleşme değişikliği isteminde bulundu ancak Amerika Birleşik Devletleri ve Birleşik Krallık Türkiye'nin itirazlarını destekleyince Rusya'nın önerisi görüşülmeden bırakıldı.[78]

Türkiye, Boğazalarda İkinci Dünya Savaşı'ndan sonra güvenlik tehdidi olarak değerlendirilebilecek herhangi bir olay yaşamadı ancak özellikle son 50 yıl içinde Boğazlardan geçen ve akaryakıt taşıyan gemilerin yaptığı kazalar nedeniyle çevre felaketlerinden zarar gördü. Boğazlarda egemenlik ve savaş gemilerine kapalı olma konuları 2008 yılındaki Güney Osetya Savaşı'nda yeniden gündeme geldi. Gürcistan'a insanî yardım götürmek amacıyla NATO adına USNS Comfort ve USNS Mercy adlı ABD savaş gemilerinin Boğazlardan geçmesi Türkiye'de Montrö Boğazlar Sözleşmesi'nin ihlâl edildiği konusunda hararetli tartışmalara yol açtı. Yabancı ülke savaş gemilerine kapalı olan Boğazlarda özel günlerde Türk Silahlı Kuvvetleri'nin kutlama etkinlikleri yürütülür. Zafer ve Kabotaj bayramlarında fırkateynler, denizaltılar ve hücum botları simgesel top atışlarıyla İstanbul Boğazı'ndan geçer.